Pertanian Ekologis (PE) merupakan sistem budidaya tanaman yang berpihak kepada kelestarian lingkungan hidup serta kesehatan konsumennya.  Pada dasarnya, sistem ini bukan merupakan sebuah konsep baru, tetapi merupakan suatu cara bertani yang sudah dikembangkan sebelum diterapkannya pertanian konvensional (revolusi hijau).  Namun, keakraban petani dengan sistem pertanian konvensional pada saat ini menyebabkan pengetahuan tentang pola pertanian ekologis dan keterampilan dalam menerapkan sistem pertanian yang sejak dulu telah dilakukan tersebut menjadi terlupakan.

Selain menghasilkan produk pertanian yang aman dikonsumsi, bergizi serta baik bagi kesehatan, keuntungan lain yang dapat diperoleh dari pengembangan sistem pertanian organik diantaranya adalah: meminimalkan polusi yang dihasilkan dari kegiatan pertanian, meningkatkan dan menjaga produktivitas lahan pertanian dalam jangka panjang serta memelihara kelestarian sumberdaya alam dan lingkungan.

Pertanian ekologis mengacu kepada sistem pertanian yang mengikuti prinsip-prinsip dan logika-logika organisme hidup yang semua elemen-elemennya (tanah, tanaman, ternak serangga, petani, dll) berhubungan erat satu sama lain.  Oleh karenanya pertanian ekologis harus didasarkan pada pengertian yang mendalam dan pengelolaan yang cermat dari interaksi - interaksi dan proses-proses tersebut.  Dengan demikian istilah pertanian ekologis tidak hanya berarti penolakan terhadap penggunaan pupuk dan pestisida yang bersifat sintetis atau kimia.  Petani ekologis dapat banyak belajar dari mengamati hubungan saling ketergantungan dalam suatu ekosistem alam, misalnya hutan.  Semakin beragam komponen, maka akan semakin stabil sebuah ekosistem yang ada di dalamnya.

Dalam melaksanakan program pengembangan masyarakat di daerah-daerah terpencil yang berbatasan dengan kawasan konservasi YEL memperkenalkan system pertanian ekologis melalui penerapan pertanian organik. Dalam menunjang aktivitas penyebarluasan system pertanian ekologis, YEL didukung oleh mitra utamanya, PanEco Switzerland, membangun Pusat Pertanian Ekologis (eco-farming centre) berlokasi di Desa Timbang Lawan, Kecamatan Bohorok, Kabupaten Langkat.